Fakt istnienia na początku XXI w. na terenie Polski tzw. tajnych więzień CIA został potwierdzony w dwóch orzeczeniach Europejskiego Trybunału Praw Człowieka w sprawach Al Nashiri przeciwko Polsce oraz Husayn (Abu Zubaydah) przeciwko Polsce. Sprawy te dotyczyły osób, które były przetrzymywane na terenie Polski w latach 2002-2003. W obu orzeczeniach ETPC stwierdził, że Polska naruszyła szereg praw człowieka, w tym zakazu tortur, prawa do rzetelnego procesu oraz prawa do wolności i bezpieczeństwa osobistego. Trybunał wskazał również m.in., że Polska umożliwiła przetrzymywanie oraz torturowanie w/w skarżących.
Już w 2010 r. HFPC ujawniła informację Straży Granicznej, z której wynikało, że od grudnia 2002 do września 2003 r. siedmioma samolotami gulfstream (używanymi m.in. przez CIA) przywieziono do Szyman 20 osób z Afganistanu, Dubaju i Maroka. Natomiast w październiku 2012 r. Fundacja złożyła przed Europejskim Trybunałem Praw Człowieka opinię przyjaciela sądu w sprawie tajnych więzień CIA. Znaczącą część pisma stanowił opis informacji, które udało się uzyskać HFPC w trybie dostępu do informacji publicznej. Ponadto, Fundacja przedstawiła wykaz danych, których udostępnienia w tym trybie odmówiono, a także informacje dotyczące śledztwa ws. zaangażowania Polski w program tajnych więzień CIA, które na przestrzeni lat udało jej się uzyskać od prokuratury. W opinii, w oparciu o doniesienia medialne, opisane zostały również wątpliwości dotyczące efektywności śledztwa.
Przytoczone sprawy należą do grupy nadzorowanych przez Komitet Ministrów Rady Europy z tzw. procedury podwyższonej (enhanced supervision procedure). W ostatniej ocenie statusu wykonania wyroku Al Nashri p. Polsce (z września 2023 roku) Komitet m.in. po raz kolejny wezwał polskie władze do udzielenia wymaganych informacji dotyczących krajowego śledztwa oraz przypomniał, że znaczenie i powaga kwestii związanych z tymi sprawami wymagają szczególnie intensywnej kontroli publicznej śledztwa. W ocenie Komitetu Ministrów informacje udostępniane społeczeństwu oficjalnymi kanałami są nadal skąpe i niejasne, nie tylko jeśli chodzi o charakter przestępstw stanowiących sedno śledztwa, ale, co ważniejsze – o powodach decyzji o częściowym umorzeniu postępowania.
Fundacja postanowiła zwrócić się do Ministra Sprawiedliwości z prośbą o udzielenie informacji na temat aktualnego stanu postępowania karnego w sprawie funkcjonowania na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej tzw. tajnych więzień CIA, a także o rozważenie możliwości udostępnienia opinii publicznej postanowienia prokuratora o częściowym umorzeniu postępowania karnego w tej sprawie oraz postanowienia sądu utrzymującego to postanowienie w mocy.
W wystąpieniu HFPC powołała się m.in. na stwierdzenia zawarte bezpośrednio w przytaczanych wyrokach Trybunału oraz zaleceniach Komitetu Ministrów Rady Europy, ale również na coraz wyraźniej zakorzenione w prawie międzynarodowym tzw. prawo do prawdy w odniesieniu do rażących naruszeń praw człowieka.